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Selektionskartierung in Rindern

Hitchhiking mapping in cattle

Christian Schlötterer (ORCID: 0000-0003-4710-6526)
  • Grant-DOI 10.55776/L403
  • Förderprogramm Translational-Research-Programm
  • Status beendet
  • Projektbeginn 01.08.2007
  • Projektende 31.12.2011
  • Bewilligungssumme 234.538 €
  • Projekt-Website

Wissenschaftsdisziplinen

Biologie (20%); Tierzucht, Tierproduktion (80%)

Keywords

    Selection, Hitchhiking Mapping, SNPs, Cattle, Milk Production Traits, Rare Breeds

Abstract

In den vergangenen Jahren wurden ökonomisch wichtige Leistungsmerkmale in Rindern sehr stark selektiert. Die genetische Basis dieser Merkmale ist komplex und noch weitgehend unverstanden. Die momentan verwendeten Methoden zur Identifizierung dieser QTL beruhen überwiegend auf Kopplungsanalyse. In diesem Projekt schlagen wir einen alternativen Ansatz vor, wie QTL für Leistungsmerkmale in Rindern identifiziert werden können, "hitchhiking mapping". Diese Technik kommt aus der Evolutionsbiologie und sie benutzt die Signatur von Selektion in Polymorphismenmustern der Rinderpopulationen. Es werden "high-density SNP arrays" verwendet werden um die genomweite Variabilität zu messen. Die Assoziation der identifizierten Kandidatenregionen mit Leistungsmerkmalen erfolgt mittels eines Assoziationstests. Letztendlich wird besonderes Gewicht auf die Auslotung der genetischen Variabilität und des ökonomischen Potentials in den Kandidatenregionen gefährdeter österreichischer Rinderrassen gelegt.

Forschungsstätte(n)
  • Veterinärmedizinische Universität Wien - 100%
Internationale Projektbeteiligte
  • Hans-Rudolf Fries, Technische Universität München - Deutschland
  • Thomas Meitinger, Technische Universität München - Deutschland

Research Output

  • 539 Zitationen
  • 6 Publikationen
Publikationen
  • 2012
    Titel Combining evidence of selection with association analysis increases power to detect regions influencing complex traits in dairy cattle
    DOI 10.1186/1471-2164-13-48
    Typ Journal Article
    Autor Schwarzenbacher H
    Journal BMC Genomics
    Seiten 48
    Link Publikation
  • 2011
    Titel The Genomic Signature of Splicing-Coupled Selection Differs between Long and Short Introns
    DOI 10.1093/molbev/msr201
    Typ Journal Article
    Autor Farlow A
    Journal Molecular Biology and Evolution
    Seiten 21-24
    Link Publikation
  • 2010
    Titel A genome scan for quantitative trait loci affecting milk somatic cell score in Israeli and Italian Holstein cows by means of selective DNA pooling with single- and multiple-marker mapping
    DOI 10.3168/jds.2010-3254
    Typ Journal Article
    Autor Tal-Stein R
    Journal Journal of Dairy Science
    Seiten 4913-4927
    Link Publikation
  • 2010
    Titel Nonsense-Mediated Decay Enables Intron Gain in Drosophila
    DOI 10.1371/journal.pgen.1000819
    Typ Journal Article
    Autor Farlow A
    Journal PLoS Genetics
    Link Publikation
  • 2009
    Titel Expression profiling of Drosophila mitochondrial genes via deep mRNA sequencing
    DOI 10.1093/nar/gkp856
    Typ Journal Article
    Autor Torres T
    Journal Nucleic Acids Research
    Seiten 7509-7518
    Link Publikation
  • 2010
    Titel The Next Generation of Molecular Markers From Massively Parallel Sequencing of Pooled DNA Samples
    DOI 10.1534/genetics.110.114397
    Typ Journal Article
    Autor Futschik A
    Journal Genetics
    Seiten 207-218
    Link Publikation

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