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Adaptive Genexpression

Inference of adaptive gene expression by experim. evolution

Christian Schlötterer (ORCID: 0000-0003-4710-6526)
  • Grant-DOI 10.55776/P29133
  • Förderprogramm Einzelprojekte
  • Status beendet
  • Projektbeginn 01.10.2016
  • Projektende 30.09.2021
  • Bewilligungssumme 334.197 €
  • Projekt-Website

Wissenschaftsdisziplinen

Biologie (100%)

Keywords

    Pool-Seq, Experimental Evolution, Evolve And Resequence, Temperature Stress, Selection, RNA-Seq

Abstract Endbericht

Hitzestress bewirkt starke Unterschiede in Genexpression zwischen verschiedenen D. melanogaster Stämmen. Trotz dieser beeindruckenden Unterschiede ist nicht klar, welche Auswirkung diese Unterschiede in Genexpressionsintensität auf die Fitness der Fruchtfliege haben. In diesem Forschungsprojekt wird diese Frage mittels experimenteller Evolution untersucht. Rekombinante Genotypen von 2 Fliegenstämmen mit deutlich ausgeprägten Genexpressionsunterschieden bei 29C werden über 20 Generationen Hitzestress ausgesetzt. Vorteilhafte Genexpressionsmuster werden während der Evolution unter Hitzestress eine stärkere Ausprägung erfahren. Mittels Pool-Seq Analyse der evolvierten Populationen werden die Transkriptionsfaktoren identifiziert, die für das adaptive Genexpressionsmuster verantwortlich sind.

In diesem Projekt wurden die Allelfrequenzveränderungen in Drosophila melanogaster Populationen gemessen, die von 2 Gründerhaplotypen abstammen, und dann für 20 Generationen auf 29C kultiviert wurden. Es wurden extrem starke Allelfrequenzveränderungen über das ganze Genom hinweg beobachtet. Bemerkenswert war weiterhin, dass in 10 Replikaten, extrem ähnliche Allelfrequenzveränderungsmuster beobachtet wurden. Wenn die gleichen Ausgangsgenotypen bei 18C kultiviert wurden, zeigte sich fast das gleiche Allelfrequenzveränderungsmuster. Der Hauptunterschied zwischen den Temperaturen war, dass die Allelfrequenzveränderungen bei 29C im allgemeinen noch extremer waren als bei 18C. Die überraschend parallelen Allelfrequenzänderungen in Replikaten deuten darauf hin, dass dieses experimentelle Design dazu eingesetzt werden kann um die genetische Basis von komplexen Merkmalen zu untersuchen, wenn die Selektionsexperimente für mehr Generationen fortgesetzt werden. Vorläufige Daten aus dem Projekt unterstützen diese Hypothese.

Forschungsstätte(n)
  • Veterinärmedizinische Universität Wien - 100%
Internationale Projektbeteiligte
  • Yun S. Song, University of California Berkeley - Vereinigte Staaten von Amerika

Research Output

  • 575 Zitationen
  • 21 Publikationen
  • 3 Datasets & Models
Publikationen
  • 2017
    Titel Unexpected high genetic diversity in small populations suggests maintenance by associative overdominance
    DOI 10.1111/mec.14262
    Typ Journal Article
    Autor Schou M
    Journal Molecular Ecology
    Seiten 6510-6523
  • 2020
    Titel Transcription-coupled repair in Drosophila melanogaster is independent of the mismatch repair pathway
    DOI 10.1101/2020.04.07.029033
    Typ Preprint
    Autor Törmä L
    Seiten 2020.04.07.029033
    Link Publikation
  • 2020
    Titel Distinct Patterns of Selective Sweep and Polygenic Adaptation in Evolve and Resequence Studies
    DOI 10.1093/gbe/evaa073
    Typ Journal Article
    Autor Barghi N
    Journal Genome Biology and Evolution
    Seiten 890-904
    Link Publikation
  • 2022
    Titel Genome-wide selection signatures reveal widespread synergistic effects of two different stressors in Drosophila melanogaster
    DOI 10.1098/rspb.2022.1857
    Typ Journal Article
    Autor Burny C
    Journal Proceedings of the Royal Society B
    Seiten 20221857
    Link Publikation
  • 2021
    Titel Highly parallel genomic selection response in replicated Drosophila melanogaster populations with reduced genetic variation
    DOI 10.1101/2021.04.06.438598
    Typ Preprint
    Autor Claire B
    Seiten 2021.04.06.438598
    Link Publikation
  • 2019
    Titel A generalised approach to detect selected haplotype blocks in Evolve and Resequence experiments
    DOI 10.1101/691659
    Typ Preprint
    Autor Otte K
    Seiten 691659
    Link Publikation
  • 2019
    Titel Distinct patterns of selective sweep and polygenic adaptation
    DOI 10.1101/691840
    Typ Preprint
    Autor Barghi N
    Seiten 691840
    Link Publikation
  • 2022
    Titel Figure SI 1. Large genomic regions respond at both temperatures. ;Figure SI 2. Histograms of parental gene expression differences per gene at 18C (blue) and at 29C (purple). ;Figure SI 3. Influence of the window size (1, 50, 250, 500 SNP(s)) and FDR...
    DOI 10.6084/m9.figshare.21299894.v1
    Typ Other
    Autor Claire B
    Link Publikation
  • 2021
    Titel Highly Parallel Genomic Selection Response in Replicated Drosophila melanogaster Populations with Reduced Genetic Variation
    DOI 10.1093/gbe/evab239
    Typ Journal Article
    Autor Burny C
    Journal Genome Biology and Evolution
    Link Publikation
  • 2020
    Titel Polygenic adaptation: a unifying framework to understand positive selection
    DOI 10.1038/s41576-020-0250-z
    Typ Journal Article
    Autor Barghi N
    Journal Nature Reviews Genetics
    Seiten 769-781
  • 2020
    Titel Parallel gene expression evolution in natural and laboratory evolved populations
    DOI 10.1111/mec.15649
    Typ Journal Article
    Autor Hsu S
    Journal Molecular Ecology
    Seiten 884-894
    Link Publikation
  • 2020
    Titel The Evolution of Phenotypic Plasticity in Response to Temperature Stress
    DOI 10.1093/gbe/evaa206
    Typ Journal Article
    Autor Mallard F
    Journal Genome Biology and Evolution
    Seiten 2429-2440
    Link Publikation
  • 2020
    Titel The evolution of phenotypic plasticity in response to temperature stress
    DOI 10.1101/2020.09.15.297515
    Typ Preprint
    Autor Mallard F
    Seiten 2020.09.15.297515
    Link Publikation
  • 2020
    Titel Detecting selected haplotype blocks in evolve and resequence experiments
    DOI 10.1111/1755-0998.13244
    Typ Journal Article
    Autor Otte K
    Journal Molecular Ecology Resources
    Seiten 93-109
    Link Publikation
  • 2020
    Titel The adaptive architecture is shaped by population ancestry and not by selection regime
    DOI 10.1101/2020.06.25.170878
    Typ Preprint
    Autor Otte K
    Seiten 2020.06.25.170878
    Link Publikation
  • 2021
    Titel The genetic architecture of temperature adaptation is shaped by population ancestry and not by selection regime
    DOI 10.1186/s13059-021-02425-9
    Typ Journal Article
    Autor Otte K
    Journal Genome Biology
    Seiten 211
    Link Publikation
  • 2021
    Titel Additional file 1 of The genetic architecture of temperature adaptation is shaped by population ancestry and not by selection regime
    DOI 10.6084/m9.figshare.14998766
    Typ Other
    Autor Nolte V
    Link Publikation
  • 2021
    Titel Additional file 1 of The genetic architecture of temperature adaptation is shaped by population ancestry and not by selection regime
    DOI 10.6084/m9.figshare.14998766.v1
    Typ Other
    Autor Nolte V
    Link Publikation
  • 2021
    Titel Additional file 3 of The genetic architecture of temperature adaptation is shaped by population ancestry and not by selection regime
    DOI 10.6084/m9.figshare.14998772
    Typ Other
    Autor Nolte V
    Link Publikation
  • 2021
    Titel Additional file 3 of The genetic architecture of temperature adaptation is shaped by population ancestry and not by selection regime
    DOI 10.6084/m9.figshare.14998772.v1
    Typ Other
    Autor Nolte V
    Link Publikation
  • 2021
    Titel Genome-wide selection signatures reveal widespread synergistic effects of culture conditions and temperature stress in Drosophila melanogaster
    DOI 10.1101/2021.11.09.467935
    Typ Preprint
    Autor Claire B
    Seiten 2021.11.09.467935
    Link Publikation
Datasets & Models
  • 2021 Link
    Titel Additional file 2 of The genetic architecture of temperature adaptation is shaped by population ancestry and not by selection regime
    DOI 10.6084/m9.figshare.14998769
    Typ Database/Collection of data
    Öffentlich zugänglich
    Link Link
  • 2021 Link
    Titel Highly parallel genomic selection response in replicated Drosophila melanogaster populations with reduced genetic variation
    DOI 10.5281/zenodo.5160085
    Typ Database/Collection of data
    Öffentlich zugänglich
    Link Link
  • 2021 Link
    Titel The genetic architecture of temperature adaptation is shaped by population ancestry and not by selection regime
    DOI 10.5061/dryad.np5hqbzsp
    Typ Database/Collection of data
    Öffentlich zugänglich
    Link Link

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