Adaptive Genexpression
Inference of adaptive gene expression by experim. evolution
Wissenschaftsdisziplinen
Biologie (100%)
Keywords
-
Pool-Seq,
Experimental Evolution,
Evolve And Resequence,
Temperature Stress,
Selection,
RNA-Seq
Hitzestress bewirkt starke Unterschiede in Genexpression zwischen verschiedenen D. melanogaster Stämmen. Trotz dieser beeindruckenden Unterschiede ist nicht klar, welche Auswirkung diese Unterschiede in Genexpressionsintensität auf die Fitness der Fruchtfliege haben. In diesem Forschungsprojekt wird diese Frage mittels experimenteller Evolution untersucht. Rekombinante Genotypen von 2 Fliegenstämmen mit deutlich ausgeprägten Genexpressionsunterschieden bei 29C werden über 20 Generationen Hitzestress ausgesetzt. Vorteilhafte Genexpressionsmuster werden während der Evolution unter Hitzestress eine stärkere Ausprägung erfahren. Mittels Pool-Seq Analyse der evolvierten Populationen werden die Transkriptionsfaktoren identifiziert, die für das adaptive Genexpressionsmuster verantwortlich sind.
In diesem Projekt wurden die Allelfrequenzveränderungen in Drosophila melanogaster Populationen gemessen, die von 2 Gründerhaplotypen abstammen, und dann für 20 Generationen auf 29C kultiviert wurden. Es wurden extrem starke Allelfrequenzveränderungen über das ganze Genom hinweg beobachtet. Bemerkenswert war weiterhin, dass in 10 Replikaten, extrem ähnliche Allelfrequenzveränderungsmuster beobachtet wurden. Wenn die gleichen Ausgangsgenotypen bei 18C kultiviert wurden, zeigte sich fast das gleiche Allelfrequenzveränderungsmuster. Der Hauptunterschied zwischen den Temperaturen war, dass die Allelfrequenzveränderungen bei 29C im allgemeinen noch extremer waren als bei 18C. Die überraschend parallelen Allelfrequenzänderungen in Replikaten deuten darauf hin, dass dieses experimentelle Design dazu eingesetzt werden kann um die genetische Basis von komplexen Merkmalen zu untersuchen, wenn die Selektionsexperimente für mehr Generationen fortgesetzt werden. Vorläufige Daten aus dem Projekt unterstützen diese Hypothese.
- Yun S. Song, University of California Berkeley - Vereinigte Staaten von Amerika
Research Output
- 575 Zitationen
- 21 Publikationen
- 3 Datasets & Models
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2017
Titel Unexpected high genetic diversity in small populations suggests maintenance by associative overdominance DOI 10.1111/mec.14262 Typ Journal Article Autor Schou M Journal Molecular Ecology Seiten 6510-6523 -
2020
Titel Transcription-coupled repair in Drosophila melanogaster is independent of the mismatch repair pathway DOI 10.1101/2020.04.07.029033 Typ Preprint Autor Törmä L Seiten 2020.04.07.029033 Link Publikation -
2020
Titel Distinct Patterns of Selective Sweep and Polygenic Adaptation in Evolve and Resequence Studies DOI 10.1093/gbe/evaa073 Typ Journal Article Autor Barghi N Journal Genome Biology and Evolution Seiten 890-904 Link Publikation -
2022
Titel Genome-wide selection signatures reveal widespread synergistic effects of two different stressors in Drosophila melanogaster DOI 10.1098/rspb.2022.1857 Typ Journal Article Autor Burny C Journal Proceedings of the Royal Society B Seiten 20221857 Link Publikation -
2021
Titel Highly parallel genomic selection response in replicated Drosophila melanogaster populations with reduced genetic variation DOI 10.1101/2021.04.06.438598 Typ Preprint Autor Claire B Seiten 2021.04.06.438598 Link Publikation -
2019
Titel A generalised approach to detect selected haplotype blocks in Evolve and Resequence experiments DOI 10.1101/691659 Typ Preprint Autor Otte K Seiten 691659 Link Publikation -
2019
Titel Distinct patterns of selective sweep and polygenic adaptation DOI 10.1101/691840 Typ Preprint Autor Barghi N Seiten 691840 Link Publikation -
2022
Titel Figure SI 1. Large genomic regions respond at both temperatures. ;Figure SI 2. Histograms of parental gene expression differences per gene at 18C (blue) and at 29C (purple). ;Figure SI 3. Influence of the window size (1, 50, 250, 500 SNP(s)) and FDR... DOI 10.6084/m9.figshare.21299894.v1 Typ Other Autor Claire B Link Publikation -
2021
Titel Highly Parallel Genomic Selection Response in Replicated Drosophila melanogaster Populations with Reduced Genetic Variation DOI 10.1093/gbe/evab239 Typ Journal Article Autor Burny C Journal Genome Biology and Evolution Link Publikation -
2020
Titel Polygenic adaptation: a unifying framework to understand positive selection DOI 10.1038/s41576-020-0250-z Typ Journal Article Autor Barghi N Journal Nature Reviews Genetics Seiten 769-781 -
2020
Titel Parallel gene expression evolution in natural and laboratory evolved populations DOI 10.1111/mec.15649 Typ Journal Article Autor Hsu S Journal Molecular Ecology Seiten 884-894 Link Publikation -
2020
Titel The Evolution of Phenotypic Plasticity in Response to Temperature Stress DOI 10.1093/gbe/evaa206 Typ Journal Article Autor Mallard F Journal Genome Biology and Evolution Seiten 2429-2440 Link Publikation -
2020
Titel The evolution of phenotypic plasticity in response to temperature stress DOI 10.1101/2020.09.15.297515 Typ Preprint Autor Mallard F Seiten 2020.09.15.297515 Link Publikation -
2020
Titel Detecting selected haplotype blocks in evolve and resequence experiments DOI 10.1111/1755-0998.13244 Typ Journal Article Autor Otte K Journal Molecular Ecology Resources Seiten 93-109 Link Publikation -
2020
Titel The adaptive architecture is shaped by population ancestry and not by selection regime DOI 10.1101/2020.06.25.170878 Typ Preprint Autor Otte K Seiten 2020.06.25.170878 Link Publikation -
2021
Titel The genetic architecture of temperature adaptation is shaped by population ancestry and not by selection regime DOI 10.1186/s13059-021-02425-9 Typ Journal Article Autor Otte K Journal Genome Biology Seiten 211 Link Publikation -
2021
Titel Additional file 1 of The genetic architecture of temperature adaptation is shaped by population ancestry and not by selection regime DOI 10.6084/m9.figshare.14998766 Typ Other Autor Nolte V Link Publikation -
2021
Titel Additional file 1 of The genetic architecture of temperature adaptation is shaped by population ancestry and not by selection regime DOI 10.6084/m9.figshare.14998766.v1 Typ Other Autor Nolte V Link Publikation -
2021
Titel Additional file 3 of The genetic architecture of temperature adaptation is shaped by population ancestry and not by selection regime DOI 10.6084/m9.figshare.14998772 Typ Other Autor Nolte V Link Publikation -
2021
Titel Additional file 3 of The genetic architecture of temperature adaptation is shaped by population ancestry and not by selection regime DOI 10.6084/m9.figshare.14998772.v1 Typ Other Autor Nolte V Link Publikation -
2021
Titel Genome-wide selection signatures reveal widespread synergistic effects of culture conditions and temperature stress in Drosophila melanogaster DOI 10.1101/2021.11.09.467935 Typ Preprint Autor Claire B Seiten 2021.11.09.467935 Link Publikation
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2021
Link
Titel Additional file 2 of The genetic architecture of temperature adaptation is shaped by population ancestry and not by selection regime DOI 10.6084/m9.figshare.14998769 Typ Database/Collection of data Öffentlich zugänglich Link Link -
2021
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Titel Highly parallel genomic selection response in replicated Drosophila melanogaster populations with reduced genetic variation DOI 10.5281/zenodo.5160085 Typ Database/Collection of data Öffentlich zugänglich Link Link -
2021
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Titel The genetic architecture of temperature adaptation is shaped by population ancestry and not by selection regime DOI 10.5061/dryad.np5hqbzsp Typ Database/Collection of data Öffentlich zugänglich Link Link