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Virtuelle Screening Identifizierung bioaktiver Naturstoffe

Identification of bio-active natural products by virtual scr

Hermann Stuppner (ORCID: 0000-0001-8862-0201)
  • Grant-DOI 10.55776/S107
  • Förderprogramm Nationale Forschungsnetzwerke
  • Status beendet
  • Projektbeginn 01.04.2008
  • Projektende 31.12.2014
  • Bewilligungssumme 3.391.211 €
  • Projekt-Website

Wissenschaftsdisziplinen

Informatik (85%); Medizinisch-theoretische Wissenschaften, Pharmazie (15%)

Keywords

    Bioactive natural products, Pharmacophore Modeling, Computer-assisted drug discovery, Database Mining, Virtual screening

Abstract

Motivation: Die Einführung von Hochdurchsatz-Strategien gegen Ende des 20. Jhds führte die Wirkstoffsuche zu einer nie gekannten Effizienz. Heute enttäuscht die geringe Zahl neuer Arzneimittel und zeigt, dass effiziente Strategien nicht notwendigerweise effektiv sind. Neue Konzepte zur Steigerung der Effektivität in der Wirkstoffsuche sind daher notwendig. Die Entzündung ist Teil zahlreicher Erkrankungen, wie der Atherosklerose, dem Metabolischen Syndrom, der Sepsis oder Krebserkrankungen. Für keine dieser Erkrankungen existiert eine zufrieden stellende Therapie. Naturstoffe waren stets eine wichtige Quelle von neuen Leitstrukturen für Arzneimittel. Ca. 60 % der neuen Arzneistoffe basierten in den letzten 20 Jahren auf molekularen Strukturen natürlichen Ursprungs. Ziel dieses nationalen Netzwerkes ist die Identifizierung und Charakterisierung von bioaktiven Naturstoffen für die Behandlung entzündlicher Erkrankungen speziell im Bereich des kardiovaskulären Systems. Strategie: Zur Erreichung dieses Zieles werden wir ein einzigartiges Konzept mit folgenden Aspekten verfolgen: (i) Ausgangspunkt für die Wirkstoffsuche sind Naturstoffe, die nach wie vor eine bedeutende Quelle für Arzneistoffleitstrukturen darstellen; (ii) Der Einsatz von Computertechniken, wie Pharmakophor-Modelling und virtuellem Screening von Naturstoff-Datenbanken führt zu Strukturen, die pharmakologisch charakterisiert werden (> Molekularer Ansatz); (iii) Die Auswertung tradierten Wissens über Heilpflanzen identifiziert viel versprechende Pflanzen, die chemisch und pharmakologisch analysiert werden (> ethnopharmakologischer Ansatz). Wirkstoffkandidaten beider Ansätze werden mechanistischen Studien sowie einem präklinischen Profiling zugeführt. Um die Verfügbarkeit des pflanzlichen Ausgangsmaterials und eine weitere Verwertung sicherzustellen, werden Naturschutzaspekte berücksichtigt und die ausgewauml;hlten Arten in Kultur genommen. Molekularbiologische und biotechnologische Methoden sollen die Identität, Reproduzierbarkeit und Verfügbarkeit des Ausgangsmaterials sichern. Um dieses Konzept zu verwirklichen, haben sich Gruppen fünf verschiedener Universitäten (Graz, Innsbruck, Wien) aus den Gebieten der Ethnopharmakologie, der Chemoinformatik, der angewandten Botanik, der Chemie, Pharmakologie, vaskulären Biologie und Biotechnologie zusammengeschlossen. Erwartete Ergebnisse: Der kombinierte Einsatz von Computertechniken inklusive Naturstoff-Datenbanken mit tradiertem Wissen, chemischen high-tech Analysen und einem breiten Spektrum an pharmakologischen in vitro, zell-basierten und in vivo Modellen wird viel versprechende Wirkstoffkandidaten für die Behandlung von Entzündungen im vaskulären Bereich liefern. Von mechanistischen Studien erwarten wir uns einen Beitrag zum besseren Verständnis molekularer Prozesse in der Entzündung.

Konsortium
  • Brigitte Kopp, Universität Wien
    Konsortiumsmitglied (01.04.2008 - 31.03.2011)
  • Chlodwig Franz, Veterinärmedizinische Universität Wien
    Konsortiumsmitglied (01.04.2008 - 30.04.2011)
  • Daniela Schuster, Universität Innsbruck
    Konsortiumsmitglied (01.04.2011 - 31.12.2014)
  • Hermann Stuppner, Universität Innsbruck
    Konsortiumsmitglied (01.04.2008 - 31.12.2014)
  • Marko D. Mihovilovic, Technische Universität Wien
    Konsortiumsmitglied (01.04.2011 - 31.12.2014)
  • Rudolf Bauer, Universität Graz
    Konsortiumsmitglied (01.04.2008 - 31.12.2014)
  • Valeriy Bochkov, Medizinische Universität Wien
    Konsortiumsmitglied (01.04.2011 - 31.12.2014)
  • Verena M. Dirsch, Universität Wien
    Konsortiumsmitglied (01.04.2008 - 31.12.2014)
Forschungsstätte(n)
  • Freie Universität Berlin
Nationale Projektbeteiligte
  • Stefan Kubicek, CeMM – Forschungszentrum für Molekulare Medizin GmbH , assoziierte:r Forschungspartner:in
Internationale Projektbeteiligte
  • Pedro Melillo De Magalhaes, Universidade Estadual de Campinas - Brasilien
  • Aiping Lu, Chinese Academy of Medical Sciences - China
  • Peigen Xiao, Chinese Academy of Medical Sciences - China
  • De-An Guo, Chinese Academy of Sciences - China
  • Jianhua Miao, Guangxi Botanical Garden - China
  • Heidi Heuberger, Bayerische Landesanstalt für Landwirtschaft - Deutschland
  • Gerhard Wolber, Freie Universität Berlin - Deutschland
  • Thomas Efferth, Johannes Gutenberg-Universität Mainz - Deutschland
  • Günther Heubl, Ludwig Maximilians-Universität München - Deutschland
  • Angelika M. Vollmar, Ludwig-Maximilians-Universität München - Deutschland
  • Jörg Degenhardt, Martin-Luther-Universität Halle-Wittenberg - Deutschland
  • Oliver Werz, Universität Jena - Deutschland
  • Bart Staels, SERLIA et INSERM - Frankreich
  • Joel Boustie, Université de Rennes I - Frankreich
  • Roberto Della Loggia, University of Trieste - Italien
  • Matthias Hamburger, Universität Basel - Schweiz
  • Dan Sorescu, Emory University School of Medicine - Vereinigte Staaten von Amerika
  • Kathy K. Griendling, Emory University School of Medicine - Vereinigte Staaten von Amerika

Research Output

  • 2207 Zitationen
  • 55 Publikationen
Publikationen
  • 2018
    Titel Magnolol dimer-derived fragments as PPAR?-selective probes
    DOI 10.1039/c8ob01745j
    Typ Journal Article
    Autor Dreier D
    Journal Organic & Biomolecular Chemistry
    Seiten 7019-7028
    Link Publikation
  • 2012
    Titel Selected Extracts of Chinese Herbal Medicines: Their Effect on NF-?B, PPARa and PPAR? and the Respective Bioactive Compounds
    DOI 10.1155/2012/983023
    Typ Journal Article
    Autor Rozema E
    Journal Evidence-Based Complementary and Alternative Medicine
    Seiten 983023
    Link Publikation
  • 2012
    Titel Inhibition of cell surface expression of endothelial adhesion molecules by ursolic acid prevents intimal hyperplasia of venous bypass grafts in rats
    DOI 10.1093/ejcts/ezs128
    Typ Journal Article
    Autor Zeller I
    Journal European Journal of Cardio-Thoracic Surgery
    Seiten 878-884
    Link Publikation
  • 2012
    Titel Effects on inflammatory responses by the sphingoid base 4,8-sphingadienine
    DOI 10.3892/ijmm.2012.1035
    Typ Journal Article
    Autor Rozema E
    Journal International Journal of Molecular Medicine
    Seiten 703-707
    Link Publikation
  • 2012
    Titel Identification of Novel Liver X Receptor Activators by Structure-Based Modeling
    DOI 10.1021/ci300096c
    Typ Journal Article
    Autor Von Grafenstein S
    Journal Journal of Chemical Information and Modeling
    Seiten 1391-1400
    Link Publikation
  • 2012
    Titel Permissive role of miR-663 in induction of VEGF and activation of the ATF4 branch of unfolded protein response in endothelial cells by oxidized phospholipids
    DOI 10.1016/j.atherosclerosis.2012.06.016
    Typ Journal Article
    Autor Afonyushkin T
    Journal Atherosclerosis
    Seiten 50-55
  • 2012
    Titel Carnosol and Carnosic Acids from Salvia officinalis Inhibit Microsomal Prostaglandin E2 Synthase-1
    DOI 10.1124/jpet.112.193847
    Typ Journal Article
    Autor Bauer J
    Journal The Journal of Pharmacology and Experimental Therapeutics
    Seiten 169-176
    Link Publikation
  • 2012
    Titel Synergy Study of the Inhibitory Potential of Red Wine Polyphenols on Vascular Smooth Muscle Cell Proliferation
    DOI 10.1055/s-0031-1298440
    Typ Journal Article
    Autor Kurin E
    Journal Planta Medica
    Seiten 772-778
  • 2012
    Titel Ratanhiaphenol III from Ratanhiae Radix is a PTP1B Inhibitor
    DOI 10.1055/s-0031-1298242
    Typ Journal Article
    Autor Heiss E
    Journal Planta Medica
    Seiten 678-681
    Link Publikation
  • 2017
    Titel Eurycomalactone Inhibits Expression of Endothelial Adhesion Molecules at a Post-Transcriptional Level
    DOI 10.1021/acs.jnatprod.7b00503
    Typ Journal Article
    Autor Malainer C
    Journal Journal of Natural Products
    Seiten 3186-3193
    Link Publikation
  • 2016
    Titel Drugs from nature targeting inflammation (DNTI): a successful Austrian interdisciplinary network project
    DOI 10.1007/s00706-015-1653-y
    Typ Journal Article
    Autor Waltenberger B
    Journal Monatshefte für Chemie - Chemical Monthly
    Seiten 479-491
    Link Publikation
  • 2016
    Titel Efficient identification of flavones, flavanones and their glycosides in routine analysis via off-line combination of sensitive NMR and HPLC experiments
    DOI 10.1016/j.foodchem.2016.09.077
    Typ Journal Article
    Autor Blunder M
    Journal Food Chemistry
    Seiten 600-609
    Link Publikation
  • 2015
    Titel Discovery of novel, non-acidic mPGES-1 inhibitors by virtual screening with a multistep protocol
    DOI 10.1016/j.bmc.2015.05.045
    Typ Journal Article
    Autor Noha S
    Journal Bioorganic & Medicinal Chemistry
    Seiten 4839-4845
    Link Publikation
  • 2014
    Titel Screening of Vietnamese medicinal plants for NF-?B signaling inhibitors: Assessing the activity of flavonoids from the stem bark of Oroxylum indicum
    DOI 10.1016/j.jep.2014.10.012
    Typ Journal Article
    Autor Van Anh Tran T
    Journal Journal of Ethnopharmacology
    Seiten 36-42
    Link Publikation
  • 2014
    Titel Polyyne Hybrid Compounds from Notopterygium incisum with Peroxisome Proliferator-Activated Receptor Gamma Agonistic Effects
    DOI 10.1021/np500605v
    Typ Journal Article
    Autor Liu X
    Journal Journal of Natural Products
    Seiten 2513-2521
    Link Publikation
  • 2014
    Titel Tetra- and Pentacyclic Triterpene Acids from the Ancient Anti-inflammatory Remedy Frankincense as Inhibitors of Microsomal Prostaglandin E2 Synthase-1
    DOI 10.1021/np500198g
    Typ Journal Article
    Autor Verhoff M
    Journal Journal of Natural Products
    Seiten 1445-1451
    Link Publikation
  • 2014
    Titel Sesquiterpenes from Neurolaena lobata and Their Antiproliferative and Anti-inflammatory Activities
    DOI 10.1021/np400834c
    Typ Journal Article
    Autor Lajter I
    Journal Journal of Natural Products
    Seiten 576-582
    Link Publikation
  • 2013
    Titel Retinal pigment epithelium cells produce VEGF in response to oxidized phospholipids through mechanisms involving ATF4 and protein kinase CK2
    DOI 10.1016/j.exer.2013.08.021
    Typ Journal Article
    Autor Pollreisz A
    Journal Experimental Eye Research
    Seiten 177-184
  • 2013
    Titel Honokiol: A non-adipogenic PPAR? agonist from nature
    DOI 10.1016/j.bbagen.2013.06.021
    Typ Journal Article
    Autor Atanasov A
    Journal Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - General Subjects
    Seiten 4813-4819
    Link Publikation
  • 2013
    Titel Arylation of Pyridines via Suzuki–Miyaura Cross-Coupling and Pyridine-­Directed C–H Activation Using a Continuous-Flow Approach
    DOI 10.1055/s-0033-1339870
    Typ Journal Article
    Autor Schnürch M
    Journal Synlett
    Seiten 2411-2418
  • 2013
    Titel Lignans from Carthamus tinctorius suppress tryptophan breakdown via indoleamine 2,3-dioxygenase
    DOI 10.1016/j.phymed.2013.06.006
    Typ Journal Article
    Autor Kuehnl S
    Journal Phytomedicine
    Seiten 1190-1195
    Link Publikation
  • 2013
    Titel Polyacetylenes from Notopterygium incisum–New Selective Partial Agonists of Peroxisome Proliferator-Activated Receptor-Gamma
    DOI 10.1371/journal.pone.0061755
    Typ Journal Article
    Autor Atanasov A
    Journal PLoS ONE
    Link Publikation
  • 2013
    Titel Ethnopharmacological in vitro studies on Austria's folk medicine—An unexplored lore in vitro anti-inflammatory activities of 71 Austrian traditional herbal drugs
    DOI 10.1016/j.jep.2013.06.007
    Typ Journal Article
    Autor Vogl S
    Journal Journal of Ethnopharmacology
    Seiten 750-771
    Link Publikation
  • 2013
    Titel The Herbal Drug Melampyrum pratense L. (Koch): Isolation and Identification of Its Bioactive Compounds Targeting Mediators of Inflammation
    DOI 10.1155/2013/395316
    Typ Journal Article
    Autor Vogl S
    Journal Evidence-Based Complementary and Alternative Medicine
    Seiten 395316
    Link Publikation
  • 2013
    Titel Cold induces reactive oxygen species production and activation of the NF-kappa B response in endothelial cells and inflammation in vivo
    DOI 10.1111/jth.12357
    Typ Journal Article
    Autor Awad E
    Journal Journal of Thrombosis and Haemostasis
    Seiten 1716-1726
  • 2013
    Titel Imbricaric Acid and Perlatolic Acid: Multi-Targeting Anti-Inflammatory Depsides from Cetrelia monachorum
    DOI 10.1371/journal.pone.0076929
    Typ Journal Article
    Autor Oettl S
    Journal PLoS ONE
    Link Publikation
  • 2013
    Titel Interaction of Carthamus tinctorius lignan arctigenin with the binding site of tryptophan-degrading enzyme indoleamine 2,3-dioxygenase
    DOI 10.1016/j.fob.2013.08.008
    Typ Journal Article
    Autor Temml V
    Journal FEBS Open Bio
    Seiten 450-452
    Link Publikation
  • 2013
    Titel Potent inhibition of human 5-lipoxygenase and microsomal prostaglandin E2 synthase-1 by the anti-carcinogenic and anti-inflammatory agent embelin
    DOI 10.1016/j.bcp.2013.04.015
    Typ Journal Article
    Autor Schaible A
    Journal Biochemical Pharmacology
    Seiten 476-486
  • 2011
    Titel Pharmacophore-based discovery of FXR agonists. Part I: Model development and experimental validation
    DOI 10.1016/j.bmc.2011.09.056
    Typ Journal Article
    Autor Schuster D
    Journal Bioorganic & Medicinal Chemistry
    Seiten 7168-7180
    Link Publikation
  • 2010
    Titel 3D pharmacophores as tools for activity profiling
    DOI 10.1016/j.ddtec.2010.11.006
    Typ Journal Article
    Autor Schuster D
    Journal Drug Discovery Today: Technologies
  • 2010
    Titel Indirubin-3'-Monoxime Blocks Vascular Smooth Muscle Cell Proliferation by Inhibition of Signal Transducer and Activator of Transcription 3 Signaling and Reduces Neointima Formation In Vivo
    DOI 10.1161/atvbaha.110.212654
    Typ Journal Article
    Autor Schwaiberger A
    Journal Arteriosclerosis, Thrombosis, and Vascular Biology
    Seiten 2475-2481
    Link Publikation
  • 2010
    Titel Predicting cyclooxygenase inhibition by three-dimensional pharmacophoric profiling. Part II: Identification of enzyme inhibitors from Prasaplai, a Thai traditional medicine
    DOI 10.1016/j.phymed.2010.08.002
    Typ Journal Article
    Autor Waltenberger B
    Journal Phytomedicine
    Seiten 119-133
    Link Publikation
  • 2010
    Titel Computer-Aided Discovery, Validation, and Mechanistic Characterization of Novel Neolignan Activators of Peroxisome Proliferator-Activated Receptor ?
    DOI 10.1124/mol.109.062141
    Typ Journal Article
    Autor Fakhrudin N
    Journal Molecular Pharmacology
    Seiten 559-566
    Link Publikation
  • 2010
    Titel Discovery of a novel IKK-ß inhibitor by ligand-based virtual screening techniques
    DOI 10.1016/j.bmcl.2010.10.051
    Typ Journal Article
    Autor Noha S
    Journal Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters
    Seiten 577-583
    Link Publikation
  • 2010
    Titel Identification of bioactive natural products by pharmacophore-based virtual screening.
    DOI 10.2174/138161210791164072
    Typ Journal Article
    Autor Schuster D
    Journal Current pharmaceutical design
    Seiten 1666-81
  • 2010
    Titel Identification and pharmacological characterization of the anti-inflammatory principal of the leaves of dwarf elder (Sambucus ebulus L.)
    DOI 10.1016/j.jep.2010.10.049
    Typ Journal Article
    Autor Schwaiger S
    Journal Journal of Ethnopharmacology
    Seiten 704-709
    Link Publikation
  • 2010
    Titel Predicting Cyclooxygenase Inhibition by Three-Dimensional Pharmacophoric Profiling. Part I: Model Generation, Validation and Applicability in Ethnopharmacology
    DOI 10.1002/minf.200900071
    Typ Journal Article
    Autor Schuster D
    Journal Molecular Informatics
    Seiten 75-86
  • 2017
    Titel Allspice and Clove As Source of Triterpene Acids Activating the G Protein-Coupled Bile Acid Receptor TGR5
    DOI 10.3389/fphar.2017.00468
    Typ Journal Article
    Autor Ladurner A
    Journal Frontiers in Pharmacology
    Seiten 468
    Link Publikation
  • 2017
    Titel Linked magnolol dimer as a selective PPAR? agonist – Structure-based rational design, synthesis, and bioactivity evaluation
    DOI 10.1038/s41598-017-12628-5
    Typ Journal Article
    Autor Dreier D
    Journal Scientific Reports
    Seiten 13002
    Link Publikation
  • 2011
    Titel Quantitative analysis of anti-inflammatory lignan derivatives in Ratanhiae radix and its tincture by HPLC–PDA and HPLC–MS
    DOI 10.1016/j.jpba.2011.06.016
    Typ Journal Article
    Autor Baumgartner L
    Journal Journal of Pharmaceutical and Biomedical Analysis
    Seiten 546-552
    Link Publikation
  • 2011
    Titel Leoligin, the major lignan from Edelweiss, activates cholesteryl ester transfer protein
    DOI 10.1016/j.atherosclerosis.2011.07.023
    Typ Journal Article
    Autor Duwensee K
    Journal Atherosclerosis
    Seiten 109-115
    Link Publikation
  • 2011
    Titel Pharmacophore-based discovery of FXR-agonists. Part II: Identification of bioactive triterpenes from Ganoderma lucidum
    DOI 10.1016/j.bmc.2011.09.039
    Typ Journal Article
    Autor Grienke U
    Journal Bioorganic & Medicinal Chemistry
    Seiten 6779-6791
    Link Publikation
  • 2011
    Titel Plumeridoid C from the Amazonian traditional medicinal plant Himatanthus sucuuba
    DOI 10.1107/s0108270111035761
    Typ Journal Article
    Autor Waltenberger B
    Journal Acta Crystallographica Section C: Crystal Structure Communications
    Link Publikation
  • 2011
    Titel Bioguided Isolation of (9Z)-Octadec-9-enoic Acid from Phellodendron amurense Rupr. and Identification of Fatty Acids as PTP1B Inhibitors
    DOI 10.1055/s-0031-1280377
    Typ Journal Article
    Autor * D
    Journal Planta Medica
    Seiten 219-224
  • 2011
    Titel Redox and Non-Redox Mechanism of In Vitro Cyclooxygenase Inhibition by Natural Quinones
    DOI 10.1055/s-0031-1280430
    Typ Journal Article
    Autor Landa P
    Journal Planta Medica
    Seiten 326-333
  • 2011
    Titel Identification and Quantification of Coumarins in Peucedanum ostruthium (L.) Koch by HPLC-DAD and HPLC-DAD-MS
    DOI 10.1021/jf104772x
    Typ Journal Article
    Autor Vogl S
    Journal Journal of Agricultural and Food Chemistry
    Seiten 4371-4377
  • 2011
    Titel Lignan Derivatives from Krameria lappacea Roots Inhibit Acute Inflammation in Vivo and Pro-inflammatory Mediators in Vitro
    DOI 10.1021/np200343t
    Typ Journal Article
    Autor Baumgartner L
    Journal Journal of Natural Products
    Seiten 1779-1786
    Link Publikation
  • 2012
    Titel Discovery of Depsides and Depsidones from Lichen as Potent Inhibitors of Microsomal Prostaglandin E2 Synthase-1 Using Pharmacophore Models
    DOI 10.1002/cmdc.201200345
    Typ Journal Article
    Autor Bauer J
    Journal ChemMedChem
    Seiten 2077-2081
    Link Publikation
  • 2011
    Titel Pharmacophore-based discovery of a novel cytosolic phospholipase A2a inhibitor
    DOI 10.1016/j.bmcl.2011.11.093
    Typ Journal Article
    Autor Noha S
    Journal Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters
    Seiten 1202-1207
    Link Publikation
  • 2011
    Titel Pharmacophore Modeling and Virtual Screening for Novel Acidic Inhibitors of Microsomal Prostaglandin E2 Synthase-1 (mPGES-1)
    DOI 10.1021/jm101309g
    Typ Journal Article
    Autor Waltenberger B
    Journal Journal of Medicinal Chemistry
    Seiten 3163-3174
    Link Publikation
  • 2011
    Titel Identification of Ostruthin from Peucedanum ostruthium Rhizomes as an Inhibitor of Vascular Smooth Muscle Cell Proliferation
    DOI 10.1021/np200072a
    Typ Journal Article
    Autor Joa H
    Journal Journal of Natural Products
    Seiten 1513-1516
    Link Publikation
  • 2013
    Titel In vitro characterisation of the anti-intravasative properties of the marine product heteronemin
    DOI 10.1007/s00204-013-1045-1
    Typ Journal Article
    Autor Kopf S
    Journal Archives of Toxicology
    Seiten 1851-1861
  • 2013
    Titel Xanthohumol attenuates tumour cell-mediated breaching of the lymphendothelial barrier and prevents intravasation and metastasis
    DOI 10.1007/s00204-013-1028-2
    Typ Journal Article
    Autor Viola K
    Journal Archives of Toxicology
    Seiten 1301-1312
  • 2013
    Titel In vitro inhibition of breast cancer spheroid-induced lymphendothelial defects resembling intravasation into the lymphatic vasculature by acetohexamide, isoxsuprine, nifedipin and proadifen
    DOI 10.1038/bjc.2012.580
    Typ Journal Article
    Autor Kretschy N
    Journal British Journal of Cancer
    Seiten 570-578
    Link Publikation
  • 2009
    Titel E-Notopterol
    DOI 10.1107/s1600536809005030
    Typ Journal Article
    Autor Schinkovitz A
    Journal Acta Crystallographica Section E: Structure Reports Online
    Link Publikation

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