Virtuelle Screening Identifizierung bioaktiver Naturstoffe
Identification of bio-active natural products by virtual scr
Wissenschaftsdisziplinen
Informatik (85%); Medizinisch-theoretische Wissenschaften, Pharmazie (15%)
Keywords
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Bioactive natural products,
Pharmacophore Modeling,
Computer-assisted drug discovery,
Database Mining,
Virtual screening
Motivation: Die Einführung von Hochdurchsatz-Strategien gegen Ende des 20. Jhds führte die Wirkstoffsuche zu einer nie gekannten Effizienz. Heute enttäuscht die geringe Zahl neuer Arzneimittel und zeigt, dass effiziente Strategien nicht notwendigerweise effektiv sind. Neue Konzepte zur Steigerung der Effektivität in der Wirkstoffsuche sind daher notwendig. Die Entzündung ist Teil zahlreicher Erkrankungen, wie der Atherosklerose, dem Metabolischen Syndrom, der Sepsis oder Krebserkrankungen. Für keine dieser Erkrankungen existiert eine zufrieden stellende Therapie. Naturstoffe waren stets eine wichtige Quelle von neuen Leitstrukturen für Arzneimittel. Ca. 60 % der neuen Arzneistoffe basierten in den letzten 20 Jahren auf molekularen Strukturen natürlichen Ursprungs. Ziel dieses nationalen Netzwerkes ist die Identifizierung und Charakterisierung von bioaktiven Naturstoffen für die Behandlung entzündlicher Erkrankungen speziell im Bereich des kardiovaskulären Systems. Strategie: Zur Erreichung dieses Zieles werden wir ein einzigartiges Konzept mit folgenden Aspekten verfolgen: (i) Ausgangspunkt für die Wirkstoffsuche sind Naturstoffe, die nach wie vor eine bedeutende Quelle für Arzneistoffleitstrukturen darstellen; (ii) Der Einsatz von Computertechniken, wie Pharmakophor-Modelling und virtuellem Screening von Naturstoff-Datenbanken führt zu Strukturen, die pharmakologisch charakterisiert werden (> Molekularer Ansatz); (iii) Die Auswertung tradierten Wissens über Heilpflanzen identifiziert viel versprechende Pflanzen, die chemisch und pharmakologisch analysiert werden (> ethnopharmakologischer Ansatz). Wirkstoffkandidaten beider Ansätze werden mechanistischen Studien sowie einem präklinischen Profiling zugeführt. Um die Verfügbarkeit des pflanzlichen Ausgangsmaterials und eine weitere Verwertung sicherzustellen, werden Naturschutzaspekte berücksichtigt und die ausgewauml;hlten Arten in Kultur genommen. Molekularbiologische und biotechnologische Methoden sollen die Identität, Reproduzierbarkeit und Verfügbarkeit des Ausgangsmaterials sichern. Um dieses Konzept zu verwirklichen, haben sich Gruppen fünf verschiedener Universitäten (Graz, Innsbruck, Wien) aus den Gebieten der Ethnopharmakologie, der Chemoinformatik, der angewandten Botanik, der Chemie, Pharmakologie, vaskulären Biologie und Biotechnologie zusammengeschlossen. Erwartete Ergebnisse: Der kombinierte Einsatz von Computertechniken inklusive Naturstoff-Datenbanken mit tradiertem Wissen, chemischen high-tech Analysen und einem breiten Spektrum an pharmakologischen in vitro, zell-basierten und in vivo Modellen wird viel versprechende Wirkstoffkandidaten für die Behandlung von Entzündungen im vaskulären Bereich liefern. Von mechanistischen Studien erwarten wir uns einen Beitrag zum besseren Verständnis molekularer Prozesse in der Entzündung.
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Konsortiumsmitglied (01.04.2008 - 31.03.2011)
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Konsortiumsmitglied (01.04.2008 - 30.04.2011)
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Konsortiumsmitglied (01.04.2011 - 31.12.2014)
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Konsortiumsmitglied (01.04.2008 - 31.12.2014)
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Konsortiumsmitglied (01.04.2011 - 31.12.2014)
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Konsortiumsmitglied (01.04.2008 - 31.12.2014)
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Konsortiumsmitglied (01.04.2011 - 31.12.2014)
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Konsortiumsmitglied (01.04.2008 - 31.12.2014)
- Freie Universität Berlin
- Stefan Kubicek, CeMM – Forschungszentrum für Molekulare Medizin GmbH , assoziierte:r Forschungspartner:in
- Pedro Melillo De Magalhaes, Universidade Estadual de Campinas - Brasilien
- Aiping Lu, Chinese Academy of Medical Sciences - China
- Peigen Xiao, Chinese Academy of Medical Sciences - China
- De-An Guo, Chinese Academy of Sciences - China
- Jianhua Miao, Guangxi Botanical Garden - China
- Heidi Heuberger, Bayerische Landesanstalt für Landwirtschaft - Deutschland
- Gerhard Wolber, Freie Universität Berlin - Deutschland
- Thomas Efferth, Johannes Gutenberg-Universität Mainz - Deutschland
- Günther Heubl, Ludwig Maximilians-Universität München - Deutschland
- Angelika M. Vollmar, Ludwig-Maximilians-Universität München - Deutschland
- Jörg Degenhardt, Martin-Luther-Universität Halle-Wittenberg - Deutschland
- Oliver Werz, Universität Jena - Deutschland
- Bart Staels, SERLIA et INSERM - Frankreich
- Joel Boustie, Université de Rennes I - Frankreich
- Roberto Della Loggia, University of Trieste - Italien
- Matthias Hamburger, Universität Basel - Schweiz
- Dan Sorescu, Emory University School of Medicine - Vereinigte Staaten von Amerika
- Kathy K. Griendling, Emory University School of Medicine - Vereinigte Staaten von Amerika
Research Output
- 2207 Zitationen
- 55 Publikationen
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2018
Titel Magnolol dimer-derived fragments as PPAR?-selective probes DOI 10.1039/c8ob01745j Typ Journal Article Autor Dreier D Journal Organic & Biomolecular Chemistry Seiten 7019-7028 Link Publikation -
2012
Titel Selected Extracts of Chinese Herbal Medicines: Their Effect on NF-?B, PPARa and PPAR? and the Respective Bioactive Compounds DOI 10.1155/2012/983023 Typ Journal Article Autor Rozema E Journal Evidence-Based Complementary and Alternative Medicine Seiten 983023 Link Publikation -
2012
Titel Inhibition of cell surface expression of endothelial adhesion molecules by ursolic acid prevents intimal hyperplasia of venous bypass grafts in rats DOI 10.1093/ejcts/ezs128 Typ Journal Article Autor Zeller I Journal European Journal of Cardio-Thoracic Surgery Seiten 878-884 Link Publikation -
2012
Titel Effects on inflammatory responses by the sphingoid base 4,8-sphingadienine DOI 10.3892/ijmm.2012.1035 Typ Journal Article Autor Rozema E Journal International Journal of Molecular Medicine Seiten 703-707 Link Publikation -
2012
Titel Identification of Novel Liver X Receptor Activators by Structure-Based Modeling DOI 10.1021/ci300096c Typ Journal Article Autor Von Grafenstein S Journal Journal of Chemical Information and Modeling Seiten 1391-1400 Link Publikation -
2012
Titel Permissive role of miR-663 in induction of VEGF and activation of the ATF4 branch of unfolded protein response in endothelial cells by oxidized phospholipids DOI 10.1016/j.atherosclerosis.2012.06.016 Typ Journal Article Autor Afonyushkin T Journal Atherosclerosis Seiten 50-55 -
2012
Titel Carnosol and Carnosic Acids from Salvia officinalis Inhibit Microsomal Prostaglandin E2 Synthase-1 DOI 10.1124/jpet.112.193847 Typ Journal Article Autor Bauer J Journal The Journal of Pharmacology and Experimental Therapeutics Seiten 169-176 Link Publikation -
2012
Titel Synergy Study of the Inhibitory Potential of Red Wine Polyphenols on Vascular Smooth Muscle Cell Proliferation DOI 10.1055/s-0031-1298440 Typ Journal Article Autor Kurin E Journal Planta Medica Seiten 772-778 -
2012
Titel Ratanhiaphenol III from Ratanhiae Radix is a PTP1B Inhibitor DOI 10.1055/s-0031-1298242 Typ Journal Article Autor Heiss E Journal Planta Medica Seiten 678-681 Link Publikation -
2017
Titel Eurycomalactone Inhibits Expression of Endothelial Adhesion Molecules at a Post-Transcriptional Level DOI 10.1021/acs.jnatprod.7b00503 Typ Journal Article Autor Malainer C Journal Journal of Natural Products Seiten 3186-3193 Link Publikation -
2016
Titel Drugs from nature targeting inflammation (DNTI): a successful Austrian interdisciplinary network project DOI 10.1007/s00706-015-1653-y Typ Journal Article Autor Waltenberger B Journal Monatshefte für Chemie - Chemical Monthly Seiten 479-491 Link Publikation -
2016
Titel Efficient identification of flavones, flavanones and their glycosides in routine analysis via off-line combination of sensitive NMR and HPLC experiments DOI 10.1016/j.foodchem.2016.09.077 Typ Journal Article Autor Blunder M Journal Food Chemistry Seiten 600-609 Link Publikation -
2015
Titel Discovery of novel, non-acidic mPGES-1 inhibitors by virtual screening with a multistep protocol DOI 10.1016/j.bmc.2015.05.045 Typ Journal Article Autor Noha S Journal Bioorganic & Medicinal Chemistry Seiten 4839-4845 Link Publikation -
2014
Titel Screening of Vietnamese medicinal plants for NF-?B signaling inhibitors: Assessing the activity of flavonoids from the stem bark of Oroxylum indicum DOI 10.1016/j.jep.2014.10.012 Typ Journal Article Autor Van Anh Tran T Journal Journal of Ethnopharmacology Seiten 36-42 Link Publikation -
2014
Titel Polyyne Hybrid Compounds from Notopterygium incisum with Peroxisome Proliferator-Activated Receptor Gamma Agonistic Effects DOI 10.1021/np500605v Typ Journal Article Autor Liu X Journal Journal of Natural Products Seiten 2513-2521 Link Publikation -
2014
Titel Tetra- and Pentacyclic Triterpene Acids from the Ancient Anti-inflammatory Remedy Frankincense as Inhibitors of Microsomal Prostaglandin E2 Synthase-1 DOI 10.1021/np500198g Typ Journal Article Autor Verhoff M Journal Journal of Natural Products Seiten 1445-1451 Link Publikation -
2014
Titel Sesquiterpenes from Neurolaena lobata and Their Antiproliferative and Anti-inflammatory Activities DOI 10.1021/np400834c Typ Journal Article Autor Lajter I Journal Journal of Natural Products Seiten 576-582 Link Publikation -
2013
Titel Retinal pigment epithelium cells produce VEGF in response to oxidized phospholipids through mechanisms involving ATF4 and protein kinase CK2 DOI 10.1016/j.exer.2013.08.021 Typ Journal Article Autor Pollreisz A Journal Experimental Eye Research Seiten 177-184 -
2013
Titel Honokiol: A non-adipogenic PPAR? agonist from nature DOI 10.1016/j.bbagen.2013.06.021 Typ Journal Article Autor Atanasov A Journal Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - General Subjects Seiten 4813-4819 Link Publikation -
2013
Titel Arylation of Pyridines via Suzuki–Miyaura Cross-Coupling and Pyridine-Directed C–H Activation Using a Continuous-Flow Approach DOI 10.1055/s-0033-1339870 Typ Journal Article Autor Schnürch M Journal Synlett Seiten 2411-2418 -
2013
Titel Lignans from Carthamus tinctorius suppress tryptophan breakdown via indoleamine 2,3-dioxygenase DOI 10.1016/j.phymed.2013.06.006 Typ Journal Article Autor Kuehnl S Journal Phytomedicine Seiten 1190-1195 Link Publikation -
2013
Titel Polyacetylenes from Notopterygium incisum–New Selective Partial Agonists of Peroxisome Proliferator-Activated Receptor-Gamma DOI 10.1371/journal.pone.0061755 Typ Journal Article Autor Atanasov A Journal PLoS ONE Link Publikation -
2013
Titel Ethnopharmacological in vitro studies on Austria's folk medicine—An unexplored lore in vitro anti-inflammatory activities of 71 Austrian traditional herbal drugs DOI 10.1016/j.jep.2013.06.007 Typ Journal Article Autor Vogl S Journal Journal of Ethnopharmacology Seiten 750-771 Link Publikation -
2013
Titel The Herbal Drug Melampyrum pratense L. (Koch): Isolation and Identification of Its Bioactive Compounds Targeting Mediators of Inflammation DOI 10.1155/2013/395316 Typ Journal Article Autor Vogl S Journal Evidence-Based Complementary and Alternative Medicine Seiten 395316 Link Publikation -
2013
Titel Cold induces reactive oxygen species production and activation of the NF-kappa B response in endothelial cells and inflammation in vivo DOI 10.1111/jth.12357 Typ Journal Article Autor Awad E Journal Journal of Thrombosis and Haemostasis Seiten 1716-1726 -
2013
Titel Imbricaric Acid and Perlatolic Acid: Multi-Targeting Anti-Inflammatory Depsides from Cetrelia monachorum DOI 10.1371/journal.pone.0076929 Typ Journal Article Autor Oettl S Journal PLoS ONE Link Publikation -
2013
Titel Interaction of Carthamus tinctorius lignan arctigenin with the binding site of tryptophan-degrading enzyme indoleamine 2,3-dioxygenase DOI 10.1016/j.fob.2013.08.008 Typ Journal Article Autor Temml V Journal FEBS Open Bio Seiten 450-452 Link Publikation -
2013
Titel Potent inhibition of human 5-lipoxygenase and microsomal prostaglandin E2 synthase-1 by the anti-carcinogenic and anti-inflammatory agent embelin DOI 10.1016/j.bcp.2013.04.015 Typ Journal Article Autor Schaible A Journal Biochemical Pharmacology Seiten 476-486 -
2011
Titel Pharmacophore-based discovery of FXR agonists. Part I: Model development and experimental validation DOI 10.1016/j.bmc.2011.09.056 Typ Journal Article Autor Schuster D Journal Bioorganic & Medicinal Chemistry Seiten 7168-7180 Link Publikation -
2010
Titel 3D pharmacophores as tools for activity profiling DOI 10.1016/j.ddtec.2010.11.006 Typ Journal Article Autor Schuster D Journal Drug Discovery Today: Technologies -
2010
Titel Indirubin-3'-Monoxime Blocks Vascular Smooth Muscle Cell Proliferation by Inhibition of Signal Transducer and Activator of Transcription 3 Signaling and Reduces Neointima Formation In Vivo DOI 10.1161/atvbaha.110.212654 Typ Journal Article Autor Schwaiberger A Journal Arteriosclerosis, Thrombosis, and Vascular Biology Seiten 2475-2481 Link Publikation -
2010
Titel Predicting cyclooxygenase inhibition by three-dimensional pharmacophoric profiling. Part II: Identification of enzyme inhibitors from Prasaplai, a Thai traditional medicine DOI 10.1016/j.phymed.2010.08.002 Typ Journal Article Autor Waltenberger B Journal Phytomedicine Seiten 119-133 Link Publikation -
2010
Titel Computer-Aided Discovery, Validation, and Mechanistic Characterization of Novel Neolignan Activators of Peroxisome Proliferator-Activated Receptor ? DOI 10.1124/mol.109.062141 Typ Journal Article Autor Fakhrudin N Journal Molecular Pharmacology Seiten 559-566 Link Publikation -
2010
Titel Discovery of a novel IKK-ß inhibitor by ligand-based virtual screening techniques DOI 10.1016/j.bmcl.2010.10.051 Typ Journal Article Autor Noha S Journal Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters Seiten 577-583 Link Publikation -
2010
Titel Identification of bioactive natural products by pharmacophore-based virtual screening. DOI 10.2174/138161210791164072 Typ Journal Article Autor Schuster D Journal Current pharmaceutical design Seiten 1666-81 -
2010
Titel Identification and pharmacological characterization of the anti-inflammatory principal of the leaves of dwarf elder (Sambucus ebulus L.) DOI 10.1016/j.jep.2010.10.049 Typ Journal Article Autor Schwaiger S Journal Journal of Ethnopharmacology Seiten 704-709 Link Publikation -
2010
Titel Predicting Cyclooxygenase Inhibition by Three-Dimensional Pharmacophoric Profiling. Part I: Model Generation, Validation and Applicability in Ethnopharmacology DOI 10.1002/minf.200900071 Typ Journal Article Autor Schuster D Journal Molecular Informatics Seiten 75-86 -
2017
Titel Allspice and Clove As Source of Triterpene Acids Activating the G Protein-Coupled Bile Acid Receptor TGR5 DOI 10.3389/fphar.2017.00468 Typ Journal Article Autor Ladurner A Journal Frontiers in Pharmacology Seiten 468 Link Publikation -
2017
Titel Linked magnolol dimer as a selective PPAR? agonist – Structure-based rational design, synthesis, and bioactivity evaluation DOI 10.1038/s41598-017-12628-5 Typ Journal Article Autor Dreier D Journal Scientific Reports Seiten 13002 Link Publikation -
2011
Titel Quantitative analysis of anti-inflammatory lignan derivatives in Ratanhiae radix and its tincture by HPLC–PDA and HPLC–MS DOI 10.1016/j.jpba.2011.06.016 Typ Journal Article Autor Baumgartner L Journal Journal of Pharmaceutical and Biomedical Analysis Seiten 546-552 Link Publikation -
2011
Titel Leoligin, the major lignan from Edelweiss, activates cholesteryl ester transfer protein DOI 10.1016/j.atherosclerosis.2011.07.023 Typ Journal Article Autor Duwensee K Journal Atherosclerosis Seiten 109-115 Link Publikation -
2011
Titel Pharmacophore-based discovery of FXR-agonists. Part II: Identification of bioactive triterpenes from Ganoderma lucidum DOI 10.1016/j.bmc.2011.09.039 Typ Journal Article Autor Grienke U Journal Bioorganic & Medicinal Chemistry Seiten 6779-6791 Link Publikation -
2011
Titel Plumeridoid C from the Amazonian traditional medicinal plant Himatanthus sucuuba DOI 10.1107/s0108270111035761 Typ Journal Article Autor Waltenberger B Journal Acta Crystallographica Section C: Crystal Structure Communications Link Publikation -
2011
Titel Bioguided Isolation of (9Z)-Octadec-9-enoic Acid from Phellodendron amurense Rupr. and Identification of Fatty Acids as PTP1B Inhibitors DOI 10.1055/s-0031-1280377 Typ Journal Article Autor * D Journal Planta Medica Seiten 219-224 -
2011
Titel Redox and Non-Redox Mechanism of In Vitro Cyclooxygenase Inhibition by Natural Quinones DOI 10.1055/s-0031-1280430 Typ Journal Article Autor Landa P Journal Planta Medica Seiten 326-333 -
2011
Titel Identification and Quantification of Coumarins in Peucedanum ostruthium (L.) Koch by HPLC-DAD and HPLC-DAD-MS DOI 10.1021/jf104772x Typ Journal Article Autor Vogl S Journal Journal of Agricultural and Food Chemistry Seiten 4371-4377 -
2011
Titel Lignan Derivatives from Krameria lappacea Roots Inhibit Acute Inflammation in Vivo and Pro-inflammatory Mediators in Vitro DOI 10.1021/np200343t Typ Journal Article Autor Baumgartner L Journal Journal of Natural Products Seiten 1779-1786 Link Publikation -
2012
Titel Discovery of Depsides and Depsidones from Lichen as Potent Inhibitors of Microsomal Prostaglandin E2 Synthase-1 Using Pharmacophore Models DOI 10.1002/cmdc.201200345 Typ Journal Article Autor Bauer J Journal ChemMedChem Seiten 2077-2081 Link Publikation -
2011
Titel Pharmacophore-based discovery of a novel cytosolic phospholipase A2a inhibitor DOI 10.1016/j.bmcl.2011.11.093 Typ Journal Article Autor Noha S Journal Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters Seiten 1202-1207 Link Publikation -
2011
Titel Pharmacophore Modeling and Virtual Screening for Novel Acidic Inhibitors of Microsomal Prostaglandin E2 Synthase-1 (mPGES-1) DOI 10.1021/jm101309g Typ Journal Article Autor Waltenberger B Journal Journal of Medicinal Chemistry Seiten 3163-3174 Link Publikation -
2011
Titel Identification of Ostruthin from Peucedanum ostruthium Rhizomes as an Inhibitor of Vascular Smooth Muscle Cell Proliferation DOI 10.1021/np200072a Typ Journal Article Autor Joa H Journal Journal of Natural Products Seiten 1513-1516 Link Publikation -
2013
Titel In vitro characterisation of the anti-intravasative properties of the marine product heteronemin DOI 10.1007/s00204-013-1045-1 Typ Journal Article Autor Kopf S Journal Archives of Toxicology Seiten 1851-1861 -
2013
Titel Xanthohumol attenuates tumour cell-mediated breaching of the lymphendothelial barrier and prevents intravasation and metastasis DOI 10.1007/s00204-013-1028-2 Typ Journal Article Autor Viola K Journal Archives of Toxicology Seiten 1301-1312 -
2013
Titel In vitro inhibition of breast cancer spheroid-induced lymphendothelial defects resembling intravasation into the lymphatic vasculature by acetohexamide, isoxsuprine, nifedipin and proadifen DOI 10.1038/bjc.2012.580 Typ Journal Article Autor Kretschy N Journal British Journal of Cancer Seiten 570-578 Link Publikation -
2009
Titel E-Notopterol DOI 10.1107/s1600536809005030 Typ Journal Article Autor Schinkovitz A Journal Acta Crystallographica Section E: Structure Reports Online Link Publikation