RNA@core: “Molecular mechanisms in RNA biology”
Wissenschaftsdisziplinen
Biologie (100%)
Keywords
- Structural Biology,
- Science Communication,
- RNA biology,
- Industry,
- Biochemistry,
- New Technologies
RNA@core ist eine neue, vom FWF finanzierte DoktorandInnen-Schule, die sich auf neue biologische und biochemische Aspekte von RNA-Molekülen, multifunktionalen Akteuren in einer lebenden Zelle, konzentriert. RNA@core baut auf der seit 12 Jahren bestehenden Doktoratsschule für RNA-Biologie auf und zielt darauf ab, DoktorandInnen auszubilden, die über die internationalen Promotionsprogramme des Vienna BioCenter und der Medizinischen Universität Wien rekrutiert werden. Bahnbrechende Technologien in der Molekularbiologie und Genetik haben in letzter Zeit bedeutende mechanistische Entdeckungen und revolutionäre Therapien auf Basis von RNA ermöglicht. Um diesen Fortschritt aufrechtzuerhalten, ist es unerlässlich, die RNA-Biologen von morgen auszubilden. Deshalb haben wir RNA@core ins Leben gerufen, um DoktorandInnen auf theoretischer, praktischer und kommunikativer Ebene umfassend auszubilden; wir wollen DoktorandInnen dazu befähigen, kritisch und unabhängig zu denken, Experimente zu planen und ihre eigenen Projekte zu leiten. RNA@core bringt zwölf Forschungsgruppen unter der Leitung von Junior- und Senior-Wissenschaftlern zusammen, um exzellente Forschung auf dem Gebiet der RNA-Biochemie und -Biologie in eine hochmoderne Doktorandenausbildung zu übertragen und ein dynamisches und interdisziplinäres Netzwerk zu schaffen, von dem die Studierenden profitieren. Das Programm von RNA@core führt wichtige Innovationen ein, wie z.B. kurze Laboraustausche und professionelles Coaching, damit die Studierenden lernen, Projekte konzeptionell in Form von "Chalk Talks" zu präsentieren sowie klassische, auf Folien basierende Präsentationen vor einem internationalen wissenschaftlichen Publikum zu halten. Außerdem bietet RNA@core einen fortgeschrittenen theoretischen Kurs in RNA-Molekularbiologie, einen Workshop in Strukturbiologie mit Schwerpunkt auf Enzymologie bei Krankheiten und eine Reihe von Kurzworkshops zu wichtigen Technologien für die RNA-Forschung an. Um Einblicke in Alternativen zu akademischen Karrierewegen zu erhalten, wird RNA@core DoktorandInnen die Möglichkeit bieten, kurze Praktika in drei auf RNA ausgerichteten Unternehmen am Vienna BioCenter zu absolvieren. Diese Initiative wird es den DoktorandInnen ermöglichen, fundiertere Entscheidungen für ihre zukünftige Karriere in der Wissenschaft, in der Industrie oder in anderen Bereichen zu treffen. Zusammenfassend lässt sich sagen, dass die Fakultät von RNA@core beabsichtigt, ein lebendiges PhD- Ausbildungsprogramm zu schaffen, in dem unsere Studierenden ein solides und interdisziplinäres Wissen in der RNA-Biologie, aber auch übertragbare Kommunikationsfähigkeiten erwerben, um alle Herausforderungen, die in ihrer Karriere auftreten können, zu bewältigen.
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Konsortiumsmitglied (01.07.2023 -)
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Konsortiumsmitglied (01.07.2023 -)
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- Medizinische Universität Wien
Research Output
- 407 Zitationen
- 51 Publikationen
- 2 Methoden & Materialien
- 1 Disseminationen
- 1 Weitere Förderungen
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2026
Titel Guardian ubiquitin E3 ligases target cancer-associated APOBEC3 deaminases for degradation to promote human genome integrity. DOI 10.1038/s41467-026-68420-5 Typ Journal Article Autor Budroni V Journal Nature communications -
2023
Titel piRNA processing by a trimeric Schlafen-domain nuclease DOI 10.1038/s41586-023-06588-2 Typ Journal Article Autor Podvalnaya N Journal Nature Seiten 402-409 Link Publikation -
2023
Titel Optimized infrared photoactivatable ribonucleoside-enhanced crosslinking and immunoprecipitation (IR-PAR-CLIP) protocol identifies novel IGF2BP3-interacting RNAs in colon cancer cells DOI 10.1261/rna.079714.123 Typ Journal Article Autor Anisimova A Journal RNA Seiten 1818-1836 Link Publikation -
2023
Titel Thioredoxin regulates the redox state and the activity of the human tRNA ligase complex DOI 10.1261/rna.079732.123 Typ Journal Article Autor Jaksch D Journal RNA Seiten 1856-1869 Link Publikation -
2023
Titel Thioredoxin regulates the redox state and the activity of the human tRNA ligase complex DOI 10.1101/2023.05.26.542437 Typ Preprint Autor Jaksch D Seiten 2023.05.26.542437 Link Publikation -
2023
Titel Role of the 5' end phosphorylation state for small RNA stability and target RNA regulation in bacteria DOI 10.1093/nar/gkad226 Typ Journal Article Autor Schilder A Journal Nucleic Acids Research Seiten 5125-5143 Link Publikation -
2025
Titel Lessons from RatA: Why the Basics in Molecular Biology Are Still Crucial! DOI 10.3390/ijms26073100 Typ Journal Article Autor Fasnacht M Journal International Journal of Molecular Sciences Seiten 3100 Link Publikation -
2025
Titel Direct cell-to-cell transmission of retrotransposons DOI 10.1101/2025.03.14.642691 Typ Preprint Autor Voichek M Seiten 2025.03.14.642691 Link Publikation -
2025
Titel HaloPROTAC3 treatment activates the unfolded protein response of the endoplasmic reticulum in nonengineered mammalian cell lines DOI 10.1091/mbc.e24-08-0342 Typ Journal Article Autor Anisimova A Journal Molecular Biology of the Cell Link Publikation -
2025
Titel Mechanistic basis for PYROXD1-mediated protection of the human tRNA ligase complex against oxidative inactivation DOI 10.1038/s41594-025-01516-6 Typ Journal Article Autor Loeff L Journal Nature Structural & Molecular Biology Seiten 1205-1212 Link Publikation -
2025
Titel In-cell structure and snapshots of copia retrotransposons in intact tissue by cryo-ET DOI 10.1016/j.cell.2025.02.003 Typ Journal Article Autor Klumpe S Journal Cell Link Publikation -
2025
Titel Ampicillin treatment in persister cell studies may cause non-physiological artifacts DOI 10.15698/mic2025.03.845 Typ Journal Article Autor Fasnacht M Journal Microbial Cell Seiten 53 Link Publikation -
2024
Titel Author Correction: piRNA processing by a trimeric Schlafen-domain nuclease. DOI 10.1038/s41586-024-07938-4 Typ Journal Article Autor Bronkhorst Aw Journal Nature -
2024
Titel Selfish conflict underlies RNA-mediated parent-of-origin effects DOI 10.1038/s41586-024-07155-z Typ Journal Article Autor Marvanova H Journal Nature -
2024
Titel Genome-wide profiling of DNA repair proteins in single cells DOI 10.1038/s41467-024-54159-4 Typ Journal Article Autor Rullens P Journal Nature Communications -
2024
Titel Multiple regulatory inputs including cell envelope stress orchestrate expression of the Escherichia coli rpoN operon. DOI 10.1111/mmi.15280 Typ Journal Article Autor Budja Lvp Journal Molecular microbiology Seiten 11-28 -
2024
Titel Mime-seq 2.0: a method to sequence microRNAs from specific mouse cell types DOI 10.1038/s44318-024-00102-8 Typ Journal Article Autor Mandlbauer A Journal The EMBO Journal Seiten 2506-2525 Link Publikation -
2024
Titel Rnalib: a Python library for custom transcriptomics analyses DOI 10.1093/bioinformatics/btae751 Typ Journal Article Autor Popitsch N Journal Bioinformatics Link Publikation -
2024
Titel Splice_sim: a nucleotide conversion-enabled RNA-seq simulation and evaluation framework DOI 10.1186/s13059-024-03313-8 Typ Journal Article Autor Popitsch N Journal Genome Biology Seiten 166 Link Publikation -
2024
Titel Mechanism for the initiation of spliceosome disassembly DOI 10.1038/s41586-024-07741-1 Typ Journal Article Autor Vorländer M Journal Nature Seiten 443-450 Link Publikation -
2024
Titel Endoplasmic reticulum: Monitoring and maintaining protein and membrane homeostasis in the endoplasmic reticulum by the unfolded protein response DOI 10.1016/j.biocel.2024.106598 Typ Journal Article Autor Kettel P Journal The International Journal of Biochemistry & Cell Biology Seiten 106598 Link Publikation -
2024
Titel MUT-7 exoribonuclease activity and localization are mediated by an ancient domain DOI 10.1093/nar/gkae610 Typ Journal Article Autor Busetto V Journal Nucleic Acids Research Seiten 9076-9091 Link Publikation -
2024
Titel Proteome-scale tagging and functional screening in mammalian cells by ORFtag DOI 10.1038/s41592-024-02339-x Typ Journal Article Autor Nemcko F Journal Nature Methods Seiten 1668-1673 Link Publikation -
2024
Titel Multi-scale Simulations of MUT-16 Scaffold Protein Phase Separation and Client Recognition DOI 10.1101/2024.04.13.589337 Typ Preprint Autor Gaurav K Seiten 2024.04.13.589337 Link Publikation -
2024
Titel Evaluation of 5'-End Phosphorylation for Small RNA Stability and Target Regulation In Vivo DOI 10.1007/978-1-0716-3565-0_14 Typ Book Chapter Autor Schilder A Verlag Springer Nature Seiten 255-272 -
2024
Titel Evolutionary adaptation of an HP1-protein chromodomain integrates chromatin and DNA sequence signals DOI 10.7554/elife.93194 Typ Journal Article Autor Baumgartner L Journal eLife Link Publikation -
2023
Titel SLAMseq resolves the kinetics of maternal and zygotic gene expression during early zebrafish embryogenesis DOI 10.1016/j.celrep.2023.112070 Typ Journal Article Autor Bhat P Journal Cell Reports Seiten 112070 Link Publikation -
2023
Titel Shuffled ATG8 interacting motifs form an ancestral bridge between UFMylation and autophagy DOI 10.15252/embj.2022112053 Typ Journal Article Autor Picchianti L Journal The EMBO Journal Link Publikation -
2024
Titel Structural basis of human U5 snRNP late biogenesis and recycling DOI 10.1038/s41594-024-01243-4 Typ Journal Article Autor Riabov Bassat D Journal Nature Structural & Molecular Biology Seiten 747-751 Link Publikation -
2024
Titel IGF2BP1 phosphorylation in the disordered linkers regulates ribonucleoprotein condensate formation and RNA metabolism DOI 10.1038/s41467-024-53400-4 Typ Journal Article Autor Hornegger H Journal Nature Communications Seiten 9054 Link Publikation -
2024
Titel Disordered regions in the IRE1a ER lumenal domain mediate its stress-induced clustering DOI 10.1038/s44318-024-00207-0 Typ Journal Article Autor Kettel P Journal The EMBO Journal Seiten 4668-4698 Link Publikation -
2025
Titel Sugar caps protect mRNAs from decay DOI 10.1073/pnas.2527312122 Typ Journal Article Autor Forbes R Journal Proceedings of the National Academy of Sciences Link Publikation -
2025
Titel RNA decay via the nuclear exosome is essential for Piwi-mediated transposon silencing DOI 10.64898/2025.12.16.694471 Typ Preprint Autor Yu C Seiten 2025.12.16.694471 Link Publikation -
2025
Titel The unfolded protein response in progeria arteries originates from non-endothelial cell types DOI 10.26508/lsa.202503485 Typ Journal Article Autor Silva R Journal Life Science Alliance Link Publikation -
2025
Titel Multi-tissue characterization of the constitutive heterochromatin proteome in Drosophila identifies a link between satellite DNA organization and transposon repression DOI 10.1371/journal.pbio.3002984 Typ Journal Article Autor Chavan A Journal PLOS Biology -
2025
Titel Mechanisms of Messenger RNA Packaging and Export. DOI 10.1146/annurev-cellbio-101123-045256 Typ Journal Article Autor Faraway R Journal Annual review of cell and developmental biology Seiten 479-504 -
2025
Titel An ATP-gated molecular switch orchestrates human mRNA export DOI 10.1038/s41586-025-09832-z Typ Journal Article Autor Hohmann U Journal Nature Seiten 1042-1050 Link Publikation -
2025
Titel Hierarchical assembly and functional resilience of the mammalian RNA exosome DOI 10.1101/2025.03.14.643291 Typ Preprint Autor Navalayeu T Seiten 2025.03.14.643291 Link Publikation -
2025
Titel Co-evolving infectivity and expression patterns drive the diversification of endogenous retroviruses DOI 10.1038/s44318-025-00471-8 Typ Journal Article Autor Senti K Journal The EMBO Journal Seiten 1889-1908 Link Publikation -
2025
Titel ERH regulates type II interferon immune signaling through post-transcriptional regulation of JAK2 mRNA DOI 10.1093/nar/gkaf545 Typ Journal Article Autor Soderholm A Journal Nucleic Acids Research Link Publikation -
2025
Titel Separable roles for Microprocessor and its cofactors ERH and SAFB1/2 during microRNA cluster assistance DOI 10.1101/2025.09.09.675111 Typ Preprint Autor Shang R Seiten 2025.09.09.675111 Link Publikation -
2025
Titel Collective homeostasis of condensation-prone proteins via their mRNAs DOI 10.1038/s41586-025-09568-w Typ Journal Article Autor Faraway R Journal Nature Seiten 798-808 Link Publikation -
2025
Titel Multi-scale simulations of MUT-16 scaffold protein phase separation and client recognition DOI 10.1016/j.bpj.2025.08.001 Typ Journal Article Autor Gaurav K Journal Biophysical Journal Seiten 3987-4004 Link Publikation -
2025
Titel Target RNA recognition drives PIWI complex assembly for transposon silencing DOI 10.1016/j.molcel.2025.08.007 Typ Journal Article Autor Portell-Montserrat J Journal Molecular Cell -
2023
Titel Epigenetic Manipulation of Transposable and Repetitive Elements. DOI 10.1007/978-1-0716-2883-6_16 Typ Journal Article Autor Jachowicz Jw Journal Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) Seiten 355-368 -
2023
Titel ZFP462 safeguards neural lineage specification by targeting G9A/GLP-mediated heterochromatin to silence enhancers. DOI 10.1038/s41556-022-01051-2 Typ Journal Article Autor Stecher K Journal Nature cell biology Seiten 42-55 -
2023
Titel mRNA recognition and packaging by the human transcription-export complex. DOI 10.1038/s41586-023-05904-0 Typ Journal Article Autor Pacheco-Fiallos B Journal Nature Seiten 828-835 -
2023
Titel A fine balancing act: how epitranscriptome regulates dosage compensation in mammals. DOI 10.1038/s41594-023-01055-y Typ Journal Article Autor Jachowicz Jw Journal Nature structural & molecular biology Seiten 1057-1059 -
2023
Titel MUT-7 exoribonuclease activity and localisation are mediated by an ancient domain DOI 10.1101/2023.12.20.572533 Typ Preprint Autor Busetto V Seiten 2023.12.20.572533 Link Publikation -
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Titel See above Typ PhD Thesis Autor All Doctoral Theses Are Ongoing; None Has Been Finished. We Report This Here Because We Do Not Find A Proper Field To Indicate This. -
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DOI 10.2210/pdb8q7w/pdb Typ Other
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2024
Link
Titel ORFtag DOI 10.1038/s41592-024-02339-x Typ Technology assay or reagent Öffentlich zugänglich Link Link -
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Titel HA-tagged RBPs mESC lines Typ Cell line Öffentlich zugänglich
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2024
Titel "Dark genome and beginning of life" at the IMBA Family Day Typ Participation in an open day or visit at my research institution
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2024
Titel Determinants of mRNA Lifetime and Translation Efficiency Typ Research grant (including intramural programme) Förderbeginn 2024 Geldgeber Vienna Science and Technology Fund