Simulationsanalyse zur Solventdynamik von Oxyquinolinen
Computational solvation dynamics of oxyquinolines
Wissenschaftsdisziplinen
Chemie (70%); Informatik (30%)
Keywords
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Solvation Dynamics,
Dielectric Spectroscopy,
Polarizable Md Simulations
Solvationsdynamik ist einer der Schlüsselfaktoren für chemische Reaktionen. Die spektrale Antwort eines gelösten Chromophores auf eine elektronische Anregung durch einen Laser wird zeitab- hängiger Stokes Shift genannt und liefert bedeutende Informationen zu der Fotoaktivität des Chromophores und der Lösungsmittelreorganisation. In dem vorliegenden Antrag schlagen wir einen neuartigen, ganzheitlichen Ansatz zur Simulationsanalyse der Lösungsmitteldynamik vor, der auch quantenmechanische Berechnungen, polarisierbare (Nicht-)gleichgewichtssimulationen und Freie Energie Rechnungen miteinbezieht. Chemische Substitutionen der Seitenketten eines Oxyquinolines ändern das Volumen (und damit das Rotationsverhalten) und die Stärke und Orientierung des Dipolmomentes. Wir werden die auftretenden Lösungsmitteleffekte analysieren und unsere Simulationsergebnisse direkt mit den entsprechenden experimentellen Daten unseres Kooperationspartners vergleichen. Im Gegensatz zum Standardchromophore Coumarin C153 sinkt das Dipolmoment von Oxyquinolinen nach Laseranregung. Deshalb tragen unsere Ergebnisse auch dazu bei, die bisher gemachten Modelle zur Lösungsmitteldynamik kritisch zu hinterfragen. Die Aufteilung in Translations-/Rotations-, kationische und anionische sowie Beiträge von permanenten und induzierten Dipolen zum Stokes Shift werden ebenso dazu beitragen, neue Erkenntnisse für die Rolle einzelner Lösungsmittel und deren Schlüsseleigenschaften zu gewinnen, wie frequenzabhängige dielektrische Spektren. Für weniger fluide Lösungsmittel sind Rechnungen von mehreren Dutzenden Nanosekunden erforderlich, die nicht mehr durch quantenmechanische Berechnungen bewältigt werden können. Der große Vorteil von polarisierbaren MD Simulationen in unserem Fall ist die Modellierung von elektronischen Effekten bei Beibehaltung dieser langen Simulationszeiten.
Normalerweise interessieren sich Chemiker für die Edukte und Produkte chemischer Reaktionen und vernachlässigen die Untersuchung des Lösungsmittels. Häufig wird nur auf die Löslichkeit der Substanzen geschaut. Dabei spielt die Solvatationsdynamik des Lösungsmittels eine wichtige Rolle bei chemischen Reaktionen, da das Lösungsmittel Übergangszustände stabilisieren kann. Die dynamische Reaktion und die Wechselwirkungen des Lösungsmittels auf die sich verändernden Moleküle können über die Ausbeute einer Reaktion unter bestimmten Bedingungen entscheiden. In diesem Projekt haben wir die grundlegenden Techniken zur Berechnung des Stokes shifts untersucht. Durch Verbesserung der Kraftfelder stimmen unsere Rechnungen besser mit den experimentellen Daten überein. Auf diese Weise konnten wir die Solvatationsdynamik von Tert-Butyl-Gruppen, Trehalose und an der Oberfläche von Proteinen untersuchen.
- Universität Wien - 100%
- Nikolaus Ernsting, Humboldt-Universität zu Berlin - Deutschland
Research Output
- 631 Zitationen
- 14 Publikationen
- 1 Weitere Förderungen
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2018
Titel Evaluating excited state atomic polarizabilities of chromophores DOI 10.1039/c7cp08549d Typ Journal Article Autor Heid E Journal Physical Chemistry Chemical Physics Seiten 8554-8563 Link Publikation -
2021
Titel The small impact of various partial charge distributions in ground and excited state on the computational Stokes shift of 1-methyl-6-oxyquinolinium betaine in diverse water models DOI 10.48550/arxiv.2105.09212 Typ Preprint Autor Heid E -
2021
Titel Computational solvation dynamics of oxyquinolinium betaine linked to trehalose DOI 10.48550/arxiv.2105.09236 Typ Preprint Autor Heid E -
2021
Titel Effect of a Tertiary Butyl Group on Polar Solvation Dynamics in Aqueous Solution: A Computational Approach DOI 10.48550/arxiv.2105.09256 Typ Preprint Autor Heid E -
2018
Titel Solvation dynamics in polar solvents and imidazolium ionic liquids: failure of linear response approximations DOI 10.1039/c7cp07052g Typ Journal Article Autor Heid E Journal Physical Chemistry Chemical Physics Seiten 5246-5255 Link Publikation -
2019
Titel Computational spectroscopy of trehalose, sucrose, maltose, and glucose: A comprehensive study of TDSS, NQR, NOE, and DRS DOI 10.1063/1.5095058 Typ Journal Article Autor Heid E Journal The Journal of Chemical Physics Seiten 175102 Link Publikation -
2019
Titel Molecular Dynamics Simulations of Ionic Liquids and Electrolytes Using Polarizable Force Fields DOI 10.1021/acs.chemrev.8b00763 Typ Journal Article Autor Bedrov D Journal Chemical Reviews Seiten 7940-7995 Link Publikation -
2019
Titel Changes in protein hydration dynamics by encapsulation or crowding of ubiquitin: strong correlation between time-dependent Stokes shift and intermolecular nuclear Overhauser effect DOI 10.1039/c9ra08008b Typ Journal Article Autor Honegger P Journal RSC Advances Seiten 36982-36993 Link Publikation -
2016
Titel Computational solvation dynamics of oxyquinolinium betaine linked to trehalose DOI 10.1063/1.4966189 Typ Journal Article Autor Heid E Journal The Journal of Chemical Physics Seiten 164507 Link Publikation -
2016
Titel The small impact of various partial charge distributions in ground and excited state on the computational Stokes shift of 1-methyl-6-oxyquinolinium betaine in diverse water models DOI 10.1063/1.4966147 Typ Journal Article Autor Heid E Journal The Journal of Chemical Physics Seiten 164506 Link Publikation -
2017
Titel Effect of a Tertiary Butyl Group on Polar Solvation Dynamics in Aqueous Solution: A Computational Approach DOI 10.1021/acs.jpcb.7b05039 Typ Journal Article Autor Heid E Journal The Journal of Physical Chemistry B Seiten 9639-9646 -
2017
Titel On the validity of linear response approximations regarding the solvation dynamics of polyatomic solutes DOI 10.1039/c6cp08575j Typ Journal Article Autor Heid E Journal Physical Chemistry Chemical Physics Seiten 10940-10950 Link Publikation -
2019
Titel Solvation dynamics: improved reproduction of the time-dependent Stokes shift with polarizable empirical force field chromophore models DOI 10.1039/c9cp03000j Typ Journal Article Autor Heid E Journal Physical Chemistry Chemical Physics Seiten 17703-17710 Link Publikation -
2020
Titel Polarizable molecular dynamics simulations of ionic liquids: Influence of temperature control DOI 10.1063/1.5143746 Typ Journal Article Autor Heid E Journal The Journal of Chemical Physics Seiten 094105 Link Publikation
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2017
Titel DOC Fellowship Typ Fellowship Förderbeginn 2017 Geldgeber Austrian Academy of Sciences