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Simulationsanalyse zur Solventdynamik von Oxyquinolinen

Computational solvation dynamics of oxyquinolines

Christian Schröder (ORCID: 0000-0002-2167-5096)
  • Grant-DOI 10.55776/P28556
  • Förderprogramm Einzelprojekte
  • Status beendet
  • Projektbeginn 01.02.2016
  • Projektende 30.09.2019
  • Bewilligungssumme 143.535 €
  • Projekt-Website

Wissenschaftsdisziplinen

Chemie (70%); Informatik (30%)

Keywords

    Solvation Dynamics, Dielectric Spectroscopy, Polarizable Md Simulations

Abstract Endbericht

Solvationsdynamik ist einer der Schlüsselfaktoren für chemische Reaktionen. Die spektrale Antwort eines gelösten Chromophores auf eine elektronische Anregung durch einen Laser wird zeitab- hängiger Stokes Shift genannt und liefert bedeutende Informationen zu der Fotoaktivität des Chromophores und der Lösungsmittelreorganisation. In dem vorliegenden Antrag schlagen wir einen neuartigen, ganzheitlichen Ansatz zur Simulationsanalyse der Lösungsmitteldynamik vor, der auch quantenmechanische Berechnungen, polarisierbare (Nicht-)gleichgewichtssimulationen und Freie Energie Rechnungen miteinbezieht. Chemische Substitutionen der Seitenketten eines Oxyquinolines ändern das Volumen (und damit das Rotationsverhalten) und die Stärke und Orientierung des Dipolmomentes. Wir werden die auftretenden Lösungsmitteleffekte analysieren und unsere Simulationsergebnisse direkt mit den entsprechenden experimentellen Daten unseres Kooperationspartners vergleichen. Im Gegensatz zum Standardchromophore Coumarin C153 sinkt das Dipolmoment von Oxyquinolinen nach Laseranregung. Deshalb tragen unsere Ergebnisse auch dazu bei, die bisher gemachten Modelle zur Lösungsmitteldynamik kritisch zu hinterfragen. Die Aufteilung in Translations-/Rotations-, kationische und anionische sowie Beiträge von permanenten und induzierten Dipolen zum Stokes Shift werden ebenso dazu beitragen, neue Erkenntnisse für die Rolle einzelner Lösungsmittel und deren Schlüsseleigenschaften zu gewinnen, wie frequenzabhängige dielektrische Spektren. Für weniger fluide Lösungsmittel sind Rechnungen von mehreren Dutzenden Nanosekunden erforderlich, die nicht mehr durch quantenmechanische Berechnungen bewältigt werden können. Der große Vorteil von polarisierbaren MD Simulationen in unserem Fall ist die Modellierung von elektronischen Effekten bei Beibehaltung dieser langen Simulationszeiten.

Normalerweise interessieren sich Chemiker für die Edukte und Produkte chemischer Reaktionen und vernachlässigen die Untersuchung des Lösungsmittels. Häufig wird nur auf die Löslichkeit der Substanzen geschaut. Dabei spielt die Solvatationsdynamik des Lösungsmittels eine wichtige Rolle bei chemischen Reaktionen, da das Lösungsmittel Übergangszustände stabilisieren kann. Die dynamische Reaktion und die Wechselwirkungen des Lösungsmittels auf die sich verändernden Moleküle können über die Ausbeute einer Reaktion unter bestimmten Bedingungen entscheiden. In diesem Projekt haben wir die grundlegenden Techniken zur Berechnung des Stokes shifts untersucht. Durch Verbesserung der Kraftfelder stimmen unsere Rechnungen besser mit den experimentellen Daten überein. Auf diese Weise konnten wir die Solvatationsdynamik von Tert-Butyl-Gruppen, Trehalose und an der Oberfläche von Proteinen untersuchen.

Forschungsstätte(n)
  • Universität Wien - 100%
Internationale Projektbeteiligte
  • Nikolaus Ernsting, Humboldt-Universität zu Berlin - Deutschland

Research Output

  • 631 Zitationen
  • 14 Publikationen
  • 1 Weitere Förderungen
Publikationen
  • 2019
    Titel Computational spectroscopy of trehalose, sucrose, maltose, and glucose: A comprehensive study of TDSS, NQR, NOE, and DRS
    DOI 10.1063/1.5095058
    Typ Journal Article
    Autor Heid E
    Journal The Journal of Chemical Physics
    Seiten 175102
    Link Publikation
  • 2018
    Titel Evaluating excited state atomic polarizabilities of chromophores
    DOI 10.1039/c7cp08549d
    Typ Journal Article
    Autor Heid E
    Journal Physical Chemistry Chemical Physics
    Seiten 8554-8563
    Link Publikation
  • 2019
    Titel Solvation dynamics: improved reproduction of the time-dependent Stokes shift with polarizable empirical force field chromophore models
    DOI 10.1039/c9cp03000j
    Typ Journal Article
    Autor Heid E
    Journal Physical Chemistry Chemical Physics
    Seiten 17703-17710
    Link Publikation
  • 2019
    Titel Changes in protein hydration dynamics by encapsulation or crowding of ubiquitin: strong correlation between time-dependent Stokes shift and intermolecular nuclear Overhauser effect
    DOI 10.1039/c9ra08008b
    Typ Journal Article
    Autor Honegger P
    Journal RSC Advances
    Seiten 36982-36993
    Link Publikation
  • 2019
    Titel Molecular Dynamics Simulations of Ionic Liquids and Electrolytes Using Polarizable Force Fields
    DOI 10.1021/acs.chemrev.8b00763
    Typ Journal Article
    Autor Bedrov D
    Journal Chemical Reviews
    Seiten 7940-7995
    Link Publikation
  • 2021
    Titel The small impact of various partial charge distributions in ground and excited state on the computational Stokes shift of 1-methyl-6-oxyquinolinium betaine in diverse water models
    DOI 10.48550/arxiv.2105.09212
    Typ Preprint
    Autor Heid E
  • 2021
    Titel Computational solvation dynamics of oxyquinolinium betaine linked to trehalose
    DOI 10.48550/arxiv.2105.09236
    Typ Preprint
    Autor Heid E
  • 2021
    Titel Effect of a Tertiary Butyl Group on Polar Solvation Dynamics in Aqueous Solution: A Computational Approach
    DOI 10.48550/arxiv.2105.09256
    Typ Preprint
    Autor Heid E
  • 2018
    Titel Solvation dynamics in polar solvents and imidazolium ionic liquids: failure of linear response approximations
    DOI 10.1039/c7cp07052g
    Typ Journal Article
    Autor Heid E
    Journal Physical Chemistry Chemical Physics
    Seiten 5246-5255
    Link Publikation
  • 2020
    Titel Polarizable molecular dynamics simulations of ionic liquids: Influence of temperature control
    DOI 10.1063/1.5143746
    Typ Journal Article
    Autor Heid E
    Journal The Journal of Chemical Physics
    Seiten 094105
    Link Publikation
  • 2017
    Titel Effect of a Tertiary Butyl Group on Polar Solvation Dynamics in Aqueous Solution: A Computational Approach
    DOI 10.1021/acs.jpcb.7b05039
    Typ Journal Article
    Autor Heid E
    Journal The Journal of Physical Chemistry B
    Seiten 9639-9646
  • 2016
    Titel Computational solvation dynamics of oxyquinolinium betaine linked to trehalose
    DOI 10.1063/1.4966189
    Typ Journal Article
    Autor Heid E
    Journal The Journal of Chemical Physics
    Seiten 164507
    Link Publikation
  • 2016
    Titel The small impact of various partial charge distributions in ground and excited state on the computational Stokes shift of 1-methyl-6-oxyquinolinium betaine in diverse water models
    DOI 10.1063/1.4966147
    Typ Journal Article
    Autor Heid E
    Journal The Journal of Chemical Physics
    Seiten 164506
    Link Publikation
  • 2017
    Titel On the validity of linear response approximations regarding the solvation dynamics of polyatomic solutes
    DOI 10.1039/c6cp08575j
    Typ Journal Article
    Autor Heid E
    Journal Physical Chemistry Chemical Physics
    Seiten 10940-10950
    Link Publikation
Weitere Förderungen
  • 2017
    Titel DOC Fellowship
    Typ Fellowship
    Förderbeginn 2017

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